1. 成立领导小组。成立由校长任组长、主管本科教学校长任副组长的领导小组，成员包括教务处、研究生院、科技处、社科处、人事处、财经处、资产处、学生处、国际处、图书馆等部门相关负责人。负责计划实施的领导、协调等工作。

2. 成立励耘学院。聘任顾明远教授担任励耘学院院长。励耘学院下设专家委员会和管理委员会。

3. 励耘基础学科拔尖学生培养试验计划专家委员会。专家委员会下设文科专家组和理科专家组。专家委员会主任由励耘学院院长担任，副主任分别由文科专家组和理科专家组组长担任。专家委员会成员由相关学科院士、资深教授、长江学者、教学名师、国家杰出青年科学基金获得者、主管本科教学院长（系主任），以及国内外相关学科知名专家学者等组成。专家委员会负责计划的总体设计，学生选拔方案、培养方案的制订，以及计划实施的指导。

4.励耘基础学科拔尖学生培养试验计划管理委员会。管理委员会下设文科管理组和理科管理组。管理委员会主任由励耘学院院长担任，副主任分别由文科管理组和理科管理组组长担任。管理委员会成员由相关院系主管本科教学院长（系主任）、主管学生工作副书记等组成。管理委员会负责计划的具体实施、学生管理、教学组织等。负责向专家委员会提出学生选拔计划、教师聘任计划、导师聘任计划以及专家组秘书工作等。